抵押权和船舶抵押权的区别如下：
1.船舶相较于一般动产和不动产，其抵押权的变动在公示方式有所不同。
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。动产物权的设立和转让，应当依照法律规定交付。
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2.抵押权属于物权的一种，因此，关于抵押权的相关问题可以适用《民法典》中关于物权变动的规定。
3.物分为动产和不动产。《民法典》第二百零九条第一款规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。此处的例外规定指的是，关于农村土地承包经营权的设立，关于地役权的设立，二者均在物权合同生效时发生效力，而非登记后在生效。
《民法典》第二百二十四条规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但是法律另有规定的除外。
此处例外就包括了关于船舶、航空器和机动车等物权的设立、变更、转让和消灭，船舶、航空器和机动车被规定为特殊动产，未经登记，物权的效力不得对抗善意第三人。
二、找法网提醒您，关于抵押权登记的性质，大致有如下三种学说：
1.公法行为说。该说认为，抵押权登记属于公法上的行为即行政行为，它体现了国家对不动产物权关系的干预，是国家行政机关与公民、法人或其他组织之间的一种管理与被管理的关系。
2.私法行为说。该说认为，抵押权登记是出于物权公示原则的要求，设定抵押权的行为也属于民事法律行为，因此抵押权登记属于民事行为。其次，抵押权所担保的是债权，无论是抵押权还是其所担保的债权皆属于民事权利，故而抵押权登记为私法行为。
3.折衷说。该说认为，抵押权登记既有私法行为的一面也有公法行为的一面，不能一概而论。
三、船舶抵押权最重要的效力是赋予其担保的债权以优先受偿权。船舶抵押权设定后，未经抵押权人同意，抵押人不得将被抵押船舶转让给他人。抵押权人将被抵押船舶所担保的债权全部或者部分转让给他人的，抵押权随之转移。被抵押船舶灭失，抵押权随之消灭。由于船舶灭失得到的保险赔偿，抵押权人有权优先于其他债权人受偿。
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